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国际阿里云3大高性能核算解决计划
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飞机 @laoying06


去年8 月 5 日,在 2022 阿里云生命科学与智能核算峰会上,阿里云高性能核算研制负责人何万青发布了《生命科学职业云上解决计划及最佳实践》白皮书,并同步推出了高性能容器、大内存、高 IO 等三大高性能核算解决计划,满意基因测序与 AI 制药领域中海量级数据剖析、作业流程与环境各异等场景需求。


生命科学职业开展至今,早已离不开高性能核算(High Performance Computing)的辅佐,从核算机辅佐药物规划、疫苗研制,到经过基因检测供给精准医疗服务、产前筛查等,高性能核算 HPC 在生命科学研讨中扮演着十分重要的人物。


跟着云核算技能服务及实践的日趋成熟,越来越多的职业经过上云完成了整个产业的转型升级,正处于黄金时期的生命科学职业也不例外。但是,目前针对生命科学职业的解决计划大部分都为线下 IDC 超算集群计划,跟着基因组学、生物制药技能的不断演进及核算机科学的不断开展,传统核算机集群资源已无法满意生命科学职业及技能演进的需求。

本次发布的《生命科学职业云上解决计划及最佳实践》白皮书指出,生命科学企业的 IT 基础设施主要面对资源规划固定、建造周期长和硬件资源运维本钱高三大问题。一起生命科学职业也期望拥抱公共云架构、运用异构核算与人工智能等新技能。

何万青表明,云上高性能核算是目前 HPC 建造运用的最佳途径。在原来公共云与混合云两大解决计划的基础上,针对生命科学职业的不同需求,海外阿里云代理商 在该白皮书中新发布了高性能容器、大内存、高 IO 等三大高性能核算解决计划,共计五大解决计划:

1. 公共云解决计划:供给一套通用的公共云架构的解决计划,满意用户快速快捷运用云上 HPC 服务的需求,并根据事务的高峰和低谷动态进行核算资源的弹性扩缩容,有效节约事务本钱。计划尤其适用于快速开展的生命科学企业。

2. 混合云架构解决计划:部分企业具有线下 IDC 数据中心,但基础设施偏旧。跟着事务的快速增长,期望能够运用阿里云 E-HPC 供给的微弱新算力,一起利旧 IDC 数据中心资源。这种情况可用混合云架构统一办理云上云下资源,与公共云打通,支撑弹性扩缩容。企业可按需挑选办理节点设置在云上或云下。

3. HPC+AI 的高性能容器计划:适用于药物研制和事务流程杂乱多样的生信事务,触及运用版本很多、依靠环境杂乱,不同的工作流或许根据不同的操作系统和编译器构建。阿里云 E-HPC 高性能容器运用 eStack 可让运用多种软件栈的生信运用运行在同一个渠道,快捷办理,支撑多种调度器和底层资源,兼容性十分高。

4. 生信职业运用大内存解决计划:阿里云与合作伙伴 Memverge 联合推出,适用于需要进行海量数据剖析的事务,如基因测序中每个细胞的表达量数据高达数十万条读取 (reads),这种海量级的数据剖析需要大内存容量。运用部署 MemVerge Memory Machine 软件的 ECS i4p 实例作为核算节点,可满意事务对性能的极致要求,一起阿里云 E-HPC 可主动纳管所有节点。

5. 生信职业运用高 IO 解决计划:基因组织学研讨产生的数据增长快速且需永久保存,要求存储系统具有海量容量及高扩展性。另外,海外阿里云代理商 基因研讨运用软件种类很多,部分核算任务对 IO 吞吐要求很高。对此,阿里云与合作伙伴联科集团联合推出生信职业运用高 IO 解决计划。

上述解决计划能够掩盖生命科学职业的绝大多数场景与需求,具有掩盖全球的丰富算力,极致性能,弹性弹性才能帮助客户降本提效,管控可视化帮助用户省心运维等优势。目前,阿里云高性能核算广泛运用于工业仿真(CAD/CAE)、芯片规划(EDA)、生物医药资料、能源勘探与公共服务等多个职业。

「深势科技」运用弹性供应的本钱优化战略,结合抢占式实例的价格,以 30% 的本钱完成海量资源的交给。一起云上弹性高性能核算 E-HPC 主动运维的特性,降低了深势科技的运维本钱,提升了集群办理功率。

生命医学企业「圣庭医疗」经过上云优化了传统 IDC 集群的数据可靠性、运维本钱及功率问题,基因比对与剖析功率提升了 70%。海外阿里云代理商 高性能核算团队还经过结合 Slurm 事务工作流 dependency 与主动弹性的结合,削减了无效的核算资源浪费,有效降低了运用本钱。

在本次峰会上,天池大赛——“立异大师杯冷冻电镜蛋白质结构建模大赛”颁奖典礼也同期举行,全球近 2000 名参赛者一同探索云核算与蛋白质研讨的前沿课题,大赛全程从阿里云 E-HPC 渠道、英特尔第三代至强可扩展处理器(Cooper Lake)、深度学习加快和增强型 AVX-512 指令集等软硬件结合的角度进行全程辅导和训练,推进全职业对人才培养的继续关注。

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